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「青莲聚焦」带您走进人类代谢组数据库

人阅读 发布时间:2021-12-31 09:55

HMDB简介

Human Metabolome Database (HMDB) 数据库是由加拿大代谢组学创新中心[The Metabolomics Innovation Centre (TMIC)] 2007年创立的代谢组学综合数据库,被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源,包含有关人体小分子代谢产物的详细信息,应用领域包括代谢组学、临床医学、生物标志物的发现等。

HMDB信息

该是数据库专门针对人体内源性代谢产物进行收录,包括代谢物简介、化学式、分子量、化学分类、化学性质、代谢通路、部分代谢产物的浓度,部分MS/MS图谱等,共包含114222种代谢物(水溶性+脂溶性),5498条疾病链接、3840 NMR实验图谱、22198 MS/MS实验质谱图和7418 GC-MS实验质谱图以及5702个蛋白质序列。

HMDB页面介绍

接下来我们一起走进HMDB的世界~

HMDB官网地址为:Human Metabolome Database (hmdb.ca),无需注册,完全开源。

HMDB网页页面共分为三大模块(Browse/Search/Download),三者起到的作用相辅相成,为浏览者了解特定代谢物或者人类特定疾病相关代谢物提供基本信息支持。


A-Browse模块

用户在Browse模块可以根据代谢物、疾病种类、信号通路、生物样本、蛋白等信息浏览数据库中的数据。


以代谢物为例,点击进入页面后可从定性定量情况,来源样本以及细胞定位等进行代谢物筛选,随后确认筛选条件,查看符合条件的代谢物,显示HMDB数据库编号、对应名称、结构式、分子式、分子量和样本来源。


点击特定代谢物HMDB编号进入详细信息页面,包括代谢物的基本定性信息(描述,结构式、分子量、分子式和CAS号)、化学分类(取代基、分类层级-一级分类、二级分类等)、本体(参加的生理学效应和生物学过程如糖酵解)、理化性质(熔点、沸点、水溶性等)、光谱信息、生物特征(所处组织部位和参与的信号通路-连接到SMPDBKEGG数据库),最后还包括浓度和疾病相关文章整理。


同时,用户也可以从疾病种类出发筛选代谢产物,查看相关代谢产物的基本信息。


B-Search模块

搜索板块可以直接导入特定代谢物的化学结构、分子量范围、名称文本搜索、序列搜索(对HMDB中包含的5702个基因和蛋白质序列进行BLAST序列搜索)、高级搜索、质谱条件搜索-液质搜索/气质搜索/NMR搜索-(包括离子模式、M/Z峰面积等基本信息)查找并确定相关代谢物的HMDB信息,MS Search用户可以上传质谱文件(MoverZ格式),将根据HMDBLC-MS / MS谱库进行搜索,通过LC-MS / MS光谱从混合物中鉴定代谢物。

文本搜索是最常用的搜索手段,通过搜索其代谢物完整英文名称,搜索特定代谢物信息。


查看搜索结果,点击HMDB代谢物编号查询该代谢物的具体信息,同Browse部分。

C-Download


下载模块用户可根据自己的需求下载数据

包括代谢物和蛋白基因序列,还可以根据样本类型(血液、尿液、脑脊液等)下载代谢物基本信息。


同时也可以根据仪器的不同下载实验谱图数据和预测数据。

以上就是小编给大家带来的关于HMDB数据库的简单分享啦,你还有哪些为之困惑的或者感兴趣的内容都可以留言告诉小编哦 !

 

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