2021，已成过去时

2022，现在进行时

在2021年这365日的汗水中

青莲汇集了满满的干货及分享

新一年的文章盘点也如约而至

文中八篇则是它们中的代表者 

行来北凉岁月深，感君贵义轻黄金。

祝我们2022共进步

 

文章一

 

参考文献：

Wittig reagents for chemoselective sulfenic acid ligation enables global site stoichiometry analysis and redox-controlled mitochondrial targeting

原文链接：10.1038/s41557-021-00767-2.

期刊名称：Cell Chemistry

IF：21.687

样本选择：A549、HeLa、RKO、NIH3T3

技术策略：LC-MS/MS

 

蛋白质次磺酸修饰是一种发生于半胱氨酸残基上的重要翻译后修饰，其既可作为反应中间体，进一步转化为其它氧化修饰（如二硫键，亚磺酸等）；也可直接作为分子开关，可逆地调节蛋白质结构与功能。次磺酸修饰的生物半衰期极短，无法被免疫法或者质谱法直接检测，故其分析主要依赖于能够选择性与之反应的化学探针。继BTD之后，团队又研发了WYneN。

图1 半胱氨酸介导的蛋白质氧化还原形式的转换

该文在经典Wittig反应基础上发展了一系列生物相容的化学工具，用于选择性标记蛋白质的次磺酸修饰，并实现线粒体靶向检测与载荷递送。

 

文章二

 

不同半胱氨酸氧化还原形式的整体分析揭示线虫中广泛的氧化还原调节

期刊名称：Nature Communication

IF：12.121

样本选择：秀丽隐杆线虫

技术策略：qRT-PCR，定量蛋白质组学

 

该论文借助模式生物秀丽隐杆线虫为载体，探究半胱氨酸的多种氧化还原形式，揭示了半胱氨酸氧化还原可调节线虫体内多种生物过程和途径，发现p38 MAPK通路上下游蛋白质都可介导Cys依赖的抗氧化相应和天然免疫调节。

细胞氧化还原状态和半胱氨酸修饰在生物体衰老过程中是很常见的，在生理和病理条件下，半胱氨酸氧化还原谱和氧化还原状态的驱动蛋白也可能成为潜在的biomaker。作者对半胱氨酸内在反应性的定量、以位点为中心的图谱和过氧化物敏感半胱氨酸氧化还原形式的数据集极大地扩展了线虫半胱氨酸氧化的范围和生物学作用，并为破译模式生物中复杂的氧化还原信号网络提供了分子基础。

 

文章三

 

线粒体复合体I的膜臂足以促进呼吸体的形成

A membrane arm of mitochondrial complex I sufficient to promote respirasome formation

期刊名称：Cell Reports

IF：8.109

样本选择：细胞样本

技术策略：Label Free蛋白质组学；互作蛋白鉴定

  

该研究团队提出了基于PD-a模块的线粒体超级复合体的组装新模型。CIII和CIV与PD-a模块上先开始超级复合体I+III2+IV的组装。TIMMDC1作为另一个超级复合体组装因子，继续CI的组装，并最终完成复合体I+III2+IV即呼吸体的组装。

 

文章四

 

小檗碱直接靶向NEK7蛋白阻断NEK7与NLRP3的相互作用并发挥抗炎作用

期刊名称：Journal of Medicinal Chemistry

IF：6.205

样本选择：无特定病原体的C57BL/6J的小鼠骨髓来源的巨噬细胞(BMDM)、HEK-293T和L929细胞、THP-1细胞

取样策略：探针标记、Pierce Streptavidin磁珠纯化

技术策略：WB、ELISA、PCR、Co-IP、LC/MS

 该项研究首次证明NEK7是BBR治疗炎症相关疾病(如2型糖尿病、动脉粥样硬化、非酒精性脂肪肝和神经退行性疾病)的主要直接靶点之一。在这次发现过程中，小青展示出了相当“硬核”的朊实力呦，担任了文章中LC-MS/MS检测工作。

本文基于ABPP的化学蛋白质组学策略，首先确定了NEK7是BBR抗炎的一个重要的直接蛋白质组学靶点，并阐明了BBR通过与NEK7上关键的R121残基的氢键特异性地阻断NEK7−NLRP3的相互作用来发挥其抗炎作用，正是这种非共价键使得BBR只表现出适度的抗IL-1β激活的效力，从而缓和了抗炎活性。这一结果有助于以NEK7为靶标实现新型NEK7–NLRP3相互作用抑制剂的开发。

 

文章五

 

用于评估牛瘤胃微生物脲酶多样性的宏蛋白质组学分析方法

期刊名称：Frontiers in Microbiology

影响因子：4.235

样本选择：牛瘤胃液样本

技术策略：LC-MS/MS

搜库软件：Peaks（可实现非数据库来源的肽段检索）

 该研究开发了一种有针对性的宏蛋白质组学研究方法来分析瘤胃脲酶蛋白的多样性。包括前处理中对蛋白质提取（液氮冷冻研磨时间）、蛋白质消化状态（溶液中或凝胶中）以及所用消化酶（胰蛋白酶或Glu-C/Lys-C）进行了优化，并通过LC-MS/MS对酶解后的多肽进行分析（青莲百奥提供技术支持）。该方法为在其他生态系统中进行有针对性的宏蛋白质组学分析提供了指南。

为了分析瘤胃微生物脲酶的多样性，该研究开发了一种结合高脲酶活性的蛋白提取和胰蛋白酶消化凝胶内蛋白的有针对性的宏蛋白组学分析方法。脲酶蛋白具有较高的多样性，这些蛋白主要来自原绿球菌（Prochlorococcus）、螺杆菌（Helicobacter）和一些不可培养的细菌。该方法不仅扩展了对牛瘤胃中高活性脲酶的理解，也为在其他复杂生态系统中进行有针对性的宏蛋白质组分析提供了指导。

 

文章六

 

 

华支睾吸虫不同感染时期的血清和排泄-分泌产物的免疫蛋白质组学分析

期刊名称：Front Cell Infect Microbiol

影响因子：4.123

样本选择：

感染华支睾吸虫后7天、14天、35天和77天的兔血清和对照兔血清样本；

F. livera和S. japonicum感染的阳性兔血清（用于对照的病原菌）；

从感染兔的胆管中分离华支睾吸虫成虫提取ESP蛋白。

技术策略：免疫蛋白质组学（CoIP-MS）

 华支睾吸虫病是由华支睾吸虫（Clonorchis sinensis）引起的一种重要的食源性疾病。该研究采用液相色谱串联质谱法 （LC-MS/MS）进行了免疫共沉淀（Co-IP）分析（青莲百奥提供技术支持），以探究C. sinensis的排泄分泌产物（ESP）作为病原体在宿主-寄生虫相互作用中发挥的重要作用。

 

文章七

 

植物凝集素受体样激酶磷酸化细菌效应子AvrPtoB以抑制其在拟南芥中的毒性

期刊名称：Molecular Plant

IF：12.084

样本选择：拟南芥Lecrk-IX.2和△avrPtoB突变菌株

技术策略：磷酸化位点鉴定（LC-MS/MS）

 

该研究揭示了一种新的机制，通过该机制，植物LecRK蛋白LecRK-IX.2在S335位点处磷酸化了细菌效应因子AvrPtoB，从而潜在地降低了其毒性。该策略可能被植物RLKs广泛采用，在PTI响应过程中病原体效应因子会靶向该植物。这项工作实质上提高了我们对PTI激活的认识。此外该研究还注意到，存在去除植物中AvrPtoB S335位点磷酸化的机制。这可能是为什么植物中只有一定量的AvrPtoB被磷酸化的原因。结果表明，在病原体感染期间，AvrPtoB毒性仅部分降低。

 

文章八

 

 

PtRD26的剪切变体通过调节杨树中的多个NAC转录因子来延迟叶片衰老

期刊名称：The Plant Cell

IF：9.618

样本选择：杨树叶片

技术策略：RNA-seq、LC-MS等

 

在该研究中，作者通过RNA测序技术获得了毛果杨秋季叶片衰老的高分辨率时间转录图谱数据。通过共表达网络分析，作者发现衰老相关的NAC家族转录因子调控秋季叶片衰老，并提出一个年龄依赖性的衰老相关NAC转录因子内含子滞留的增加是精细调节树木叶片衰老分子机制的调控程序。

 

01样本策略

总共在16个时间点（从2018年9月22日至11月17日起），从三棵田间生长的毛白杨树木（树A、树B和树C）收集的48个叶片样品；

 

02主要技术策略

RNA-seq；

 

03功能验证策略

LC-MS质谱检测（青莲提供技术支持）、qPCR、ChIP、生化分析等。