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「青莲聚焦」科研利器:简洁又实用的蛋白修饰数据库qPTM
人阅读 发布时间:2022-10-26 13:45
翻译后修饰 (PTM) 是在各种生物体内时间和空间上调节蛋白质功能的关键分子机制。由于大多数PTM是动态调节的,因此量化不同状态下的PTM对于理解生物学过程和疾病发生至关重要。
今天小编给大家推荐一个超级实用的翻译后修饰数据库qPTM(http://qptm.omicsbio.info),由中山大学肿瘤防治中心刘泽先教授团队收集并整合了4种模式生物的6种翻译后修饰类型,包括磷酸化、乙酰化、糖基化、甲基化、SUMO化以及泛素化。为您的蛋白翻译后修饰研究添砖加瓦,赶紧跟着小编来看一看吧~
图1:qPTM数据库主界面
01 数据收集与数据库建设
02 如何检索目的蛋白的翻译后修饰
图3:ARPE-19检索结果
03 页面浏览及高级检索功能
为了帮助用户快速找到感兴趣的PTM动态数据,点击Browse浏览,可以首先选择一个感兴趣的物种,首先是三种浏览选项包括基因、条件和样本的可视化的PTM条形图摘要(图4A),通过单击浏览选项列表中的一个选项,还可以根据Gene,Condition和Sample的首字母进行筛选和查找(图4B、C、D)。
图4:页面浏览及高级检索功能
此外,Search搜索页面提供了高级搜索功能(图4E),可以通过不同的指定区域提交多达10个关键词并用“和”、“或”和“不”三种选项相结合,大大缩小了搜索结果范围,可以更迅速且准确地查询PTM数据。qPTM数据库可以作为一个系统地、便捷地访问蛋白翻译后修饰的数据平台。而且qPTM数据库将定期跟踪定量动态PTM的进展并进行更新。所以如果您已经锁定了相关目标信息,不妨用qPTM看看都会有哪些修饰发生,为您的科研提供新的思路~