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青莲百奥凭借高质量质谱平台，完善的蛋白质组学技术服务解决方案及优质的售前、售中、售后服务，助力客户实现高分文献发表及科研项目的突破。小编整理了部分客户发表的高分文献，与大家共享科研成果！

青莲发表文献

  

2022年7月，Frontiers in Immunology（IF:8.786/Q1）期刊上发表了题为“Longitudinal Serum Proteome Characterization of COVID-19 Patients With Different Severities Revealed Potential Therapeutic Strategies”的研究论文，利用TMT蛋白质组学和PRM靶向蛋白质组学，分析了不同严重程度的COVID-19患者的血清蛋白质组，提供了由SARS-CoV-2感染引起的血清变化的蛋白质组学景观，全面解读了COVID-19患者的分子病理生理特征和异质性，这些研究结果在分子水平上为未来COVID-19患者的治疗和检测提供了新的启示。（青莲百奥实验室团队完成本文章样本前处理等实验部分，青莲百奥生信总监吴松峰博士，本文一作，负责文章的生信分析部分）。

总结：

此研究使用TMT蛋白质组学策略分析了不同严重程度COVID-19患者和对照组的血清样本，破译了COVID-19患者的血清分子特征并进行了验证工作，阐述了COVID-19患者基于血清蛋白质组和与疾病进展相关的血清蛋白质变化的异质性，为疾病的治疗提供了思路。

 

01 | 客户文献

标题：TRIB3 reduces CD8+ T cell infiltration and induces immune evasion by repressing the STAT1-CXCL10 axis in colorectal cancer期刊：Science Translational Medicine(IF:19.319 )时间：2022.01   研究背景：结直肠癌中CD8+ T细胞浸润程度高提示预后良好，免疫治疗效果满意，然而，绝大多数CRC患者由于T细胞浸润不良而不能从免疫治疗中获益，T细胞转移到肿瘤组织的放松管制是肿瘤T细胞浸润缺乏的原因之一。TRIB3是一种癌蛋白，多项研究表明TRIB3在免疫应答中具有调节功能，但它在调节抗肿瘤免疫反应中的作用尚未明确。识别这些在结直肠癌中的免疫改变及其潜在机制，可能为改善可能受益于ICB治疗的结直肠癌患者的频率提供新的可能性。研究过程：1、探究TRIB3是否参与肿瘤免疫应答的调节2、证明糖尿病相关的TRIB3表达与CRC组织中CD8+ T细胞的排除有关3、确定TRIB3通过STAT1-CXCL10信号通路抑制T细胞浸润4、探究糖尿病中的高糖状态是如何诱导TRIB3表达5、研究互作蛋白乙酰化如何作为TRIB3稳定信号（相互作用蛋白-质谱鉴定-青莲百奥提供技术支持）6、确证TRIB3-K240乙酰化介导CRC中高糖诱导的免疫逃逸此项研究证明了TRIB3在各种CRC小鼠模型中抑制CD8+ T细胞浸润。发现TRIB3被乙酰转移酶P300乙酰化，抑制了TRIB3的泛素化和随后的蛋白酶体降解。异位表达的TRIB3通过增强表皮生长因子受体信号通路，抑制信号转导和转录激活因子1 (STAT1)的激活和STAT1介导的CXCL10转录，导致肿瘤浸润T细胞的减少。这些发现证实了TRIB3是CRCs中CD8+ T细胞浸润的负调节因子，突出了治疗免疫“冷”CRCs的潜在治疗靶点。 

02 | 客户文献

标题：Spatially resolved proteomic map shows that extracellular matrix regulates epidermal growth.

期刊：Nature Communications  (IF:17.694)

时间：2022.07

 

人体皮肤包括复层鳞状上皮和真皮，以及各种基质细胞和细胞外基质（ECM）。基底膜（BM）是真皮顶部的薄层，通过传递物理和生化信号来确定表皮干细胞（EpSCs）极性并维持皮肤组织的层次结构和功能。然而，干细胞生态位如何通过调节EpSCs的行为来维持组织稳态和控制伤口愈合尚未完全清楚。由中国医学科学院北京协和医院和国家蛋白质科学中心（北京）等研究团队在国际著名学术期刊Nature Communications（IF：17.694）上联合发表文献，在该研究中，使用空间定量蛋白质组学（青莲百奥提供技术支持）结合脱细胞处理、激光捕获显微切割方法构建了分层皮肤蛋白质组图谱。原位分析了正常皮肤组织和皮肤病组织的不同结构的特定功能。该研究为ECM蛋白如何促进EpSCs的生长和功能提供了见解，有助于未来对于皮肤溃疡或涉及表皮细胞功能障碍和再上皮化障碍的顽固性皮肤疾病的临床治疗。 

03 | 客户文献

标题：Establishment of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Skin Organoids Enabled Pathophysiological Model of SARS-CoV-2 Infection

期刊：Advanced Science  (IF:16.806)

时间：2022.03

 该研究建立了COVID-19患者皮肤的蛋白质组图谱，并研究了人类诱导的多能干细胞（hiPSC）衍生的具有毛囊和神经系统的皮肤类器官对SARS-CoV-2感染的敏感性。发现新冠病毒能够感染皮肤毛囊干细胞和神经系统，从而导致毛发脱落和神经元死亡。该研究首次为新冠肺炎和脱发后遗症之间的关联提供了证据，也展现了皮肤类器官在病理机制研究和药物筛选方面的巨大潜力和价值（青莲百奥承担了质谱相关数据的产出）。 

 

04 | 客户文献

标题：Application of an iPSC-Derived Organoid Model for Localized Scleroderma Therapy

期刊：Advanced Science  （IF:17.521)

时间：2022.03

 该研究建立了LoS皮肤的蛋白质组图谱，并对LoS皮肤的病理特征进行了表征。然后创建了人源诱导的多能干细胞来源的上皮和间充质（EM）类器官模型对LoS小鼠进行类器官移植治疗，发现该策略可以显著减轻皮肤纤维化的程度，增强皮肤中表皮干细胞的活性，并促进汗腺和血管的再生。这些结果突出了EM类器官模型在促进硬皮病相关表型和皮肤相关功能恢复方面的潜在应用（青莲承担了类器官蛋白质组质谱数据的产出）。 

05| 客户文献

中国医学科学院&北京协和医学院药物研究所宋丹青导师和汪燕翔导师团队发现并证明了EIF2AK2也可作为BBR抗炎作用的直接关键靶点，相关研究成果发表在APSB（Discovery and identification of EIF2AK2 as a direct key target of berberine for anti-inflammatory effects ；IF:14.903；2022年12月）上。

样本策略：

LPS和Nigericin诱导PMA-THP-1细胞；EIF2AK2 siRNA诱导HEK-293细胞、HMCC3细胞、Hepg2细胞；EIF2AK2基因敲低小鼠。

技术策略：

LC-MS/MS鉴定（青莲百奥提供）

总结：

利用化学蛋白质组学技术，我们首次将EIF2AK2、eEF1A1、PRDX3和VPS4B鉴定为小檗碱（BBR）协同抗炎作用的直接靶点。其中，BBR通过两个离子键与EIF2AK2具有最强的亲和力；此外，BBR可以微妙地抑制EIF2AK4的二聚化，以选择性地调节其下游途径，包括JNK、NF-κB、AKT和NLRP3，具有良好的安全特性的优点。该结果突出了BBR在抗炎作用中的网络机制，其中EIF2AK2是关键靶点，抑制EIF2AK1二聚化有可能成为对抗炎症相关疾病的治疗跨界。

 

06 | 客户文献

标题：The salivary effector protein Sg2204 in the greenbug Schizaphis graminum suppresses wheat defense and is essential for enabling aphid feeding on host plants.期刊：Plant Biotechnology Journal(IF:13.263)时间：2022.07  

小麦是世界主要粮食作物，麦蚜为小麦生产上的重大害虫，严重威胁小麦生产及粮食安全，培育抗虫小麦品种是防止蚜虫为害最为经济有效的途径之一。但蚜虫为典型的刺吸式害虫，对寄主植物适应性强，在取食过程中可通过分泌唾液蛋白效应子逃避寄主植物防卫反应。目前针对麦蚜—小麦互作分子机制研究不够深入，导致生产上抗蚜品种长期匮乏。作者通过转录组结合蛋白组学鉴定技术（青莲百奥提供技术支持）发现并首次证明了麦蚜唾液蛋白效应子Sg2204可抑制小麦防御反应从而促进麦蚜的寄主适应性。

 

07 | 客户文献

标题：Proteomic and clinical biomarkers for acute mountain sickness in a longitudinal cohort

期刊：Communications Biology（IF:6.548）

时间：2022年6月

 研究背景：急性高原病（AMS）是最常见的高原病之一，也是研究极端环境适应能力的经典模型之一。AMS的诊断依赖于问卷调查形式，并受多种不可控因素的影响。而AMS的发病机制尚不清楚，不能完全通过病理生理过程描述AMS，因此需要探索可靠的AMS生物标志物。
 研究策略：
对53名前瞻性队列的汉族个体血浆样本进行OLINK蛋白质组学检测和MRM验证（验证阶段由青莲百奥生物科技有限公司提供），通过差异分析、机器学习和功能关联分析，发现并证实RET在AMS的发病机制中起着重要作用。基于XGBoost模型的高精确度（AUCs>0.9），将ADAM15、PHGDH和TRAF2分别作为保护性、预测性和诊断性生物标志物，为深入探讨AMS疾病的致病机制，进一步理解平原人群对高海拔环境的适应性提供了一定的依据。 

08 | 客户文献

标题：Immune Responses to Multi-Frequencies of 1.5 GHz and 4.3 GHz Microwave Exposure in Rats: T ranscriptomic and Proteomic Analysis

期刊：International Journal of Molecular Sciences（IF:6.208）

时间：2022年6月

 

技术策略：

在本研究中，研究者设置大鼠假手术组并将Wistar大鼠模型暴露于1.5GHz（L10）和4.3GHz（C10）单频或者多频微波（LC10）中，分别暴露6h、7d、14d和28d，利用以下实验策略为探索多频微波诱导免疫抑制的潜在机制提供了有意义的信息（蛋白组和转录组由北京青莲百奥生物科技有限公司提供）。一、检查了多频微波对免疫系统造成组织病理学损伤；二、探查了多频微波对外周血的免疫影响情况以及外周血中特定细胞因子表达情况；三、转录组分析揭示多频微波在mRNA水平上的调控表达并进行PCR验证；四、蛋白组分析揭示多频微波调控的相关蛋白并进行PRM验证； 

09 | 客户文献

标题：Activity- and Enrichment-Based Metaproteomics Insights into Active Urease from the Rumen Microbiota of Cattle.期刊：International journal of molecular sciences  (IF:6.208)时间：2022.01

 

调节微生物脲酶活性对于提高尿素利用效率和减少反刍动物对环境的氮排放具有至关重要的作用。处理微生物脲酶的多样性，确定高活性脲酶为目标是关键。

常规使用培养依赖性方法从相关环境样品中分离和选择目标酶，但因大量未培养微生物的存在，目前瘤胃中活性脲酶的鉴定受到限制。

作者提出了一种通过基于活性筛选结合宏蛋白质组学（青莲百奥提供技术支持）鉴定从复杂瘤胃中发现具有高脲酶活性的微生物脲酶方法。

 

10 | 客户文献

标题：Nrf2 Activation Is Involved in Cyclic Mechanical Stress-Stimulated Osteogenic Differentiation in Periodontal Ligament Stem Cells via PI3K/Akt Signaling and HO1-SOD2 Interaction

期刊：Frontiers in Cell and Developmental Biology (IF:6.081)

时间：2022.01

 

核因子E2相关因子2（Nrf2）是抗氧化反应和细胞防御的主要转录调节因子，对调节成骨分化有重要作用。之前的研究表明，Nrf2的激活参与了循环机械应力刺激的人牙周膜干细胞（PDLSCs）成骨分化。然而，Nrf2在这一过程中的作用机制尚不清楚。该研究通过基于串联质谱标签（TMT）的液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）分析（青莲百奥提供技术支持），探索Nrf2在循环机械应力刺激成骨分化过程中在PDLSCs中的作用机制。 

11| 客户文献

标题：Transcriptomic and metabolomic landscape of quinoa during seed germination.

期刊：BMC Plant Biology  (IF:5.26)

时间：2022.05

 

作者从藜麦干种子到幼苗的过渡过程中分五个阶段进行了转录组学研究。结合代谢组分析，发现种子代谢在胚根伸长过程中随着多种植物激素（尤其是脱落酸）和其他营养物质的显着改变而改变。细胞壁重构是藜麦种子萌发早期的另一个主要活动过程。光合作用在最后阶段完全激活，促进氨基酸和蛋白质的生物合成，使幼苗生长。多组学分析揭示了藜麦种子萌发过程中代谢途径和表型的全面变化。 

12 | 客户文献

标题：The D2R-DISC1 protein complex and associated proteins are altered in schizophrenia and normalized with antipsychotic treatment.

期刊：J Psychiatry Neurosci(IF:6.186)

时间：2022.04

 DISC1是一个与精神分裂症病因有关的基因，作者发现精神分裂症患者死后脑组织中D2R-DISC1复合物水平升高。免疫共沉淀实验确定了大脑中D2R-DISC1复合物水平的升高现象也在血液中存在，对精神分裂症患者进行抗精神疾病治疗后，其血液中的D2RDISC1蛋白复合物水平正常化（降低）。而后进一步对治疗前治疗后和对照组进行蛋白组学检测分析，发现与D2R、DISC1和D2RDISC1复合物相关蛋白和通路。确定了与精神分裂症抗精神病药物治疗相关的其他蛋白质和途径。 

13 | 客户文献

标题：PSL-LCCL: a resource for subcellular protein localization in liver cancer cell line SK_HEP1

期刊：Database（IF:4.462）

时间：2022.02

 蛋白亚细胞定位的表征为进一步了解细胞行为提供了基础。人肝癌细胞系(hLCCLs)中蛋白质在膜结合细胞器上的亚细胞定位还有待进一步研究，因此作者通过质谱法对分离并富集了六个膜结合细胞器的蛋白质进行了定量分析，利用marker蛋白和基于机器学习的算法实现了在聚类和邻域水平上定位蛋白质（青莲百奥提供技术支持）。 

14 | 客户文献

标题：Identification of key pathways and genes in the progression of silicosis based on WGCNA

期刊：Inhal Toxicol(IF:3.011)时间：2022.08

 

矽肺是全球最常见的职业病之一，尤其是在包括南非和中国在内的发展中国家。其主要原因是长期吸入大量含有游离二氧化硅颗粒，导致以肺部结节性纤维化为主的疾病，由于治疗方式有限且缺乏对疾病机制的了解，矽肺及其导致的纤维化的预后极差。在本研究中，通过气管内注入不同浓度的二氧化硅建立了Wistar大鼠矽肺纤维化模型，提取肺组织最严重纤维化病变的RNA进行测序，检测差异表达基因(DEGs)，并通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定矽肺纤维化相关模块和hub基因（北京青莲百奥提供技术支持）。