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非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌最常见的类型，约占所有肺癌的80%，其具有高发病率和死亡率。若早期发现并治疗可将死亡率降低10至50倍。开发新的微创且可靠的方法如循环生物标志物，用于NSCLC的早期检测，对于该疾病的临床判定或者及早的治疗至关重要。

肺癌是常见的癌症类型之一，绝大部分病例确认诊断时已发生转移，无法进行手术切除，导致五年生存期不足20%，而IV期病人五年存活率仅有6%。因其高发病率和高致死率，肺癌已经成为了人类生命健康的重要威胁。靶向治疗和免疫治疗的快速发展带来了新的方法，但目前仍受制于有限的生物标志物和治疗组合方式。基于高通量测序技术的发展，人们对肺癌有了更多的认识，揭示了很多与肺癌密切相关的基因突变。然而，越来越多的证据显示，肿瘤的发生发展并不是简单的基因突变的集合。肿瘤组织出现异常的直接原因是执行功能的蛋白质发生了异常变化，而这些异常并不能在基因层面被完全反映出来。药物作用的直接靶点都是蛋白质，而非基因。

抑制剂是一类能够与蛋白相互作用，并降低靶蛋白生物活性的分子，包括酶抑制剂、 转录因子抑制剂、离子通道阻断剂等。生物上的小分子抑制剂一般指的是酶抑制剂，是能够靶向作用于蛋白，降低蛋白活性或者阻碍生化反应的有机化合物分子。临床上使用的大多数药物，其主要成分均为小分子抑制剂。

具有良好特征的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织对于未来的生物标志物发现研究具有重要价值，而高通量和良好重复性的方案在蛋白质组学中是必不可少的。2021年01月01日，来自隆德大学生物医学工程专业Melinda Rezeli教授团队在Journal of Proteome Research杂志上在线发表了题为“Proteomic Workflows for High-Quality Quantitative Proteome and Post-Translational Modification Analysis of Clinically Relevant Samples from Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Archives”的研究论文。该研究提出了一种针对FFPE组织优化的可重复的样本制备工作流程，并首次证明了在FFPE组织中研究内源性赖氨酸乙酰化是可行的，有助于更好地利用现有的组织档案。

  基因组在一个特定的有机体中所有细胞中都是相似的，而蛋白质组在不同的细胞中是不同的。此外，蛋白质也没有像DNA聚合酶链式反应(PCR)那样的自我复制扩增机制。因此，需要足够的样本量来达到大量的蛋白质鉴定。样品制备流程的每一步都会造成蛋白质含量的一定损失，缺乏足够的生物样品量常常是临床研究遇到的一个问题，标准(宏观)蛋白质组学方法可以容忍样品损失，因为通常处理的蛋白质为微克到毫克。然而，标准程序可能不适用于有限尺寸的样品，即当有数百到数千个细胞可用时，来自低丰度蛋白质的信号容易降低甚至缺失，导致被识别的蛋白质群数量减少。一种疾病的潜在生物标记物可能以相对较低的丰度存在。此外，生物标记物在分析时很容易被主要化合物掩盖。通过开发微量蛋白组学方法，可以处理微克甚至纳克的蛋白质，同时检索有价值的蛋白质组覆盖率，从而解决与有限尺寸样本相关的问题。疾病(如癌症)的早期过程通常在有限的范围内发生，因此可供分析的样本量很少。此外，当疾病进展时，通过标准蛋白质组学对细胞或组织体积的分析可能无法告知一个样本内的分子异质性。微量蛋白组学方法有效地解决了这些问题。

作者应用了基于深度质谱的蛋白质组学，使用HiRIEF分馏和数据依赖性采集，彻底表征CLL的疾病生物学，然后采用DIA蛋白质组学来验证以前未知的癌症亚组。对CLL的综合多组学分析全面概述了基因变化，转录组和蛋白质组之间的相互作用，以及药物反应和临床结果的功能内容。

翻译后修饰 (PTM) 是在各种生物体内时间和空间上调节蛋白质功能的关键分子机制。由于大多数PTM是动态调节的，因此量化不同状态下的PTM对于理解生物学过程和疾病发生至关重要。

该研究基于磷酸化蛋白质组学和乙酰化蛋白质组学分析一起提供了关于番红花抗肿瘤作用的清晰见解。分别鉴定并定量了与细胞周期、DNA复制、RNA转运和剪接体通路相关的4,851个调节性磷酸肽和216个调节性乙酰化蛋白。在处理的早期阶段，番红花可能刺激DNA损伤，并允许细胞通过蛋白质的磷酸化激活DNA复制检查点来修复DNA。在这个阶段，藏红花通过共价阻断 PTP1B磷酸酶抑制EGFR去磷酸化。番红花还通过去磷酸化/磷酸化调节涉及细胞周期、DNA复制过程和蛋白质翻译的关键蛋白质，显著调节DNA复制。研究还发现，组蛋白乙酰化差异包括在表观遗传调控和DNA修复过程中。结果表明，藏红花醛通过促进DNA损伤、抑制DNA修复和抑制蛋白质翻译而诱导细胞凋亡。

作者系统地分析了来自乳腺癌患者的癌组织、癌旁组织和远端非癌组织的蛋白质组和N-糖蛋白组。不同组织类型的蛋白质组决定了其在肿瘤发生和肿瘤进展中的不同作用。N-糖蛋白质组学和蛋白质组学为理解和精准分类乳腺癌疾病提供了有价值的信息。数据强调了癌旁组织在蛋白质组学和N-糖蛋白质组学的重要性。

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文章通过对乳腺癌群体样本进行蛋白质组学、基因组学、转录组学以及翻译后修饰组学检测，利用生信分析手段阐述了乳腺癌各个亚型的乙酰化蛋白质特征、代谢特征和免疫微环境特征，为个性化治疗提供了新视角和更全面的解析，蛋白基因组或将成为未来个性化治疗的主要手段。

文章利用蛋白质组学数据集以及同一队列的基因组和转录组学数据进行联合分析，对疾病的层次和聚集分子过程的进行了整体交叉组学的研究，描绘上游调节器和下游过程之间的调节网络。作者发现NAE1是iP-1亚型的潜在药物靶点，AKT1/FASN等一系列脂肪酸代谢的关键分子是iP-2亚型的潜在靶点。这一结果揭示了TNBC背后的分子机制，并提出了分子靶点及其治疗应用关系的坚实证据。

研究人员对FFPE标本进行蛋白质组分析，结合相关的结果数据，以一种可靠且临床适用的方式表征了乳腺癌的异质性。免疫差异、细胞外基质和脂质代谢途径的研究结果具有潜在的临床相关性。此外，本研究确定了用于深入分析现有存档的临床试验FFPE标本的候选蛋白质，为开发乳腺癌的诊断和预后生物标志物提供了宝贵的资源。

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种异质性的疾病，也是目前乳腺癌治疗中棘手的一种，死亡率较高、且容易复发。临床上，由于缺乏分子靶点，TNBC的治疗受到限制，与其他类型的乳腺癌患者相比，患者的预后和总生存期较差。因此，临床上迫切需要开发靶向 TNBC 疗法。外泌体由多种细胞类型释放，存在于生物体液中，并已被确定为肿瘤进展的重要介质。且已发现 TNBC 衍生的外泌体在癌症进展中起关键作用。因此，分析外泌体的蛋白质特征是 TNBC 治疗中一种很有前景的策略。

代谢重编程是癌症的标志。然而，三阴性乳腺癌（TNBC）代谢产物的系统表征仍然缺乏。2022年02月01日，来自复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科邵志敏教授和江一舟教授团队在国际知名期刊Cell Research（IF=20.507）上发表了题为“Comprehensive metabolomics expands precision medicine for triple-negative breast cancer”的研究论文。该研究分析了330例TNBC样本和149例配对正常乳腺组织中的极性代谢组和脂质组，以构建TNBC的大型代谢组图谱。基于代谢组数据对TNBC进行代谢组疾病分型，确定了三个不同的代谢亚型，并筛选到一些关键的亚型特异性代谢物可作为潜在的治疗靶点。该代谢组学数据集可以作为促进TNBC精准治疗的有用公共资源。

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研究发现单频和多频微波暴露均可引起免疫抑制反应，如下调外周血白细胞和淋巴细胞。T淋巴细胞可能对多频微波更敏感。转录组学和蛋白质组学分析表明，多频微波在脾脏中诱导的DEGs和DEPs远高于单频微波，这表明多频微波对脾脏产生的生物效应要强得多。多频率微波在mRNA和蛋白水平调控了许多与免疫激活和代谢相关的基因。T淋巴细胞发育、分化、活化相关基因下调，B淋巴细胞活化相关基因上调。此研究为探索多频率诱导免疫抑制的潜在机制提供了有用的信息。

血浆蛋白组学是寻找早期诊断生物标志物的更全面、更稳定的亚蛋白质组学，具有更高的临床转化价值，与临床化学参数具有很强的相关性。

近年来，基因组学和蛋白质组学的快速发展已积累了大量的生物数据，为揭开生命神秘的面纱提供了良好的数据基础。生物信息学为其发现差异表达基因(DEGs)高通量的方式提供了良好的时机和平台，打破了低效率的限制、敏感性和特异性的传统策略。青莲专注于科研服务、药学服务、转化医学、大数据处理等多模块业务，为广大研究人员提供一体式平台。

小麦是世界主要粮食作物，麦蚜为小麦生产上的重大害虫，严重威胁小麦生产及粮食安全，培育抗虫小麦品种是防止蚜虫为害最为经济有效的途径之一。但蚜虫为典型的刺吸式害虫，对寄主植物适应性强，在取食过程中可通过分泌唾液蛋白效应子逃避寄主植物防卫反应。目前针对麦蚜—小麦互作分子机制研究不够深入，导致生产上抗蚜品种长期匮乏。